遅延起動設定をしたにもかかわらず、プログラム起動時や、Windows起動時、また常駐マネージャー設定ボタンをクリックした際などに、｢このプログラムは保護されています。設定を有効にする事ができません。元の状態に戻します。｣というダイアログが表示され、設定内容が無効になるプログラムは、「強制的にWindowsの起動と同時に常駐するよう設計されているプログラム」です。
　
このようなプログラムに遅延起動設定をしても、プログラムが一旦起動してしまうと、プログラム本来の設定を優先するように動作するため、｢驚速メモリ｣で設定された内容を無効にし、元の設定に戻してしまいます。